学院现拥有管理科学与工程和控制科学与智能工程两大学科。管理科学与工程学科于2002年被国务院学位委员会批准为一级学科博士学位授予点，控制科学与智能工程为二级学科硕士点，管理科学与工程学科2006年被评为江苏省重点学科， 2016、2018年先后被列为“江苏省优势学科建设工程二期、三期项目”。

 学院以“特色、交叉、高水平、国际化”为学科建设的宗旨，并结合学院自身特点，坚持“管理-控制一体化”的交叉融合发展理念，以理论研究瞄准国际学术前沿、应用研究瞄准国家重大需求为学科发展目标，以管理科学与工程和控制科学与智能工程两大学科为基础，以已有雄厚科研基础的“智能决策行为实验平台”和“社会科学大数据与计算实验平台”为支撑（两横），凝炼形成了具有鲜明特色的四个研究方向（四纵），科学规划了“两横四纵”的学科布局：

 目前，学院在复杂工程与项目管理研究领域形成了国际领先的理论和应用成果，获得教育部科技进步一等奖等奖项并多次以内参形式提交国务院；在金融管理与服务管理的政策建议获得了中央领导批示，同时在运营和供应链管理及大数据分析与智能决策领域的理论和应用研究也居于国内领先地位。